Транспорт — одна из важнейших отраслей экономики Петербурга, в городе хороша развита инфраструктура морского, сухопутного и воздушного транспорта.
Большой порт Петербурга ежегодно переваливает около 60 млн тонн грузов, что составляет примерно 10% от грузооборота всех портов страны. А если взять грузы в контейнерах, то по их обработке петербургский порт — крупнейший в стране. Он обрабатывает 50% всех контейнерных грузов, приходящих в Россию морским путем. В основном это импортные товары. Из-за девальвации рубля осенью 2014 года и введения продовольственного эмбарго, перевалка контейнерных грузов в 2015 году сократилась на 20% в сравнении с 2014 годом.
Существенную роль в перевозке грузов играет Октябрьская железная дорога — железнодорожная компания, филиал ОАО "Российские железные дороги", занимающаяся эксплуатацией железнодорожной инфраструктуры северо-западных областей России (кроме Калининградской области), в том числе линии, соединяющей Петербург и Москву. Из-за спада в экономике погрузка (объем перевезенных грузов) на ОЖД с начала 2015 года сократилась на 7% по сравнению с 2014 годом.
В 2008 году первое круизное судно принял вновь построенный пассажирский порт Санкт-Петербурга "Морской фасад" — первый и единственный в Северо-Западном регионе России специализированный пассажирский порт. За период навигации 2015 года он принял 223 круизных и шесть паромных судов, на борту которых в Петербург прибыли 491 822 пассажира, что на 1% больше, чем в навигацию 2014 года.
В Петербурге расположен крупнейший на Северо-Западе аэропорт Пулково. После реконструкции, завершившейся в 2014 году, суммарная пропускная способность Пулково составляет 17 млн пассажиров в год. С осени 2014 года, после резкой девальвации рубля, пассажиропоток аэропорта пошел на убыль. Главным образом из-за снижения спроса на международные перевозки. Так, с начала 2015 года пассажиропоток на международных линиях сократился по почти на 20%. Скромный прирост пассажиров на внутренних линиях не смог компенсировать такого падения. В результате общий пассажиропоток Пулково сократился на 4%.
Вклад транспортных предприятий в ВРП города составляет 9%, или 230 млрд рублей в год.